補助金税金はどうなる？法人・個人の違いと圧縮記帳を解説

こんにちは、支援金ハンターざくざ君です。今日もお宝情報をザクザク掘り出していきますね～。

補助金が300万円も入ったの。これって、300万円にそのまま税金がかかるの・・？

事業用の補助金は課税の対象になることが多いけど、「300万円×税率」で決まるわけじゃないよ。

圧縮記帳とか、消費税の返還とかも聞くし・・。もう、何から見ればいいのか分からないわ。

大丈夫。まずは「何の税金か」「いつ収益にするか」「設備に使ったか」の3つに分けよう。

この記事では、補助金税金と調べている経営者さんや個人事業主さんに向けて、法人税・所得税・消費税の違い、収益に入れる時期、仕訳、圧縮記帳、納税資金の残し方まで順番にお話しします。

補助金は、採択された時はうれしいんです。でも、入金後に「えっ、税金がかかるの？」と知ると、急に使うのが怖くなりますよね。

先に短く答えると、事業に関係する補助金は課税の対象になることが多いです。ただし、補助金の全額へそのまま税率を掛けるわけではありません。

この違いが分かれば、必要以上に怖がらず、かといって使い切って慌てることもなくなります。通知書を手元に置いて、一つずつ見ていきましょう(*´ω｀*)。

補助金税金は原則どうなる？最初に結論

「補助金が300万円なら、300万円全部が利益になるの？」。ここが最初のモヤモヤですよね。

結論、補助金は収益に入れるのが基本です。でも、収益と利益は同じではありません。

法人なら、売上や補助金などの益金から、仕入、人件費、家賃、減価償却費などの損金を差し引いて所得を計算します。個人事業主も、事業の収入から必要経費を差し引いて事業所得を計算します。

法人は益金、個人事業主は総収入金額に入るのが基本

会社が事業のために受け取った補助金は、原則として法人税の計算に入ります。会計では「雑収入」などの科目を使うことが多いです。

個人事業主が事業に関係して受け取った補助金も、原則として事業所得などの総収入金額に入ります。

ただし、個人向けの給付金の中には、法律で非課税とされるものがあります。制度名に「補助金」「給付金」と付いているだけで決めず、誰に、何の目的で支給されたお金かを確認してくださいね。

税額は「補助金額×税率」では決まらない

たとえば・・、補助金300万円を受け取り、その事業の対象経費として広告費や外注費を300万円支払ったとします。

補助金300万円だけを見れば大きな収益ですが、同じ年度に経費300万円が計上されれば、その部分だけで300万円の利益が増えるとは限りません。

反対に、1,000万円の機械を買った場合は、購入額の全額をその年の経費にできず、何年かに分けて減価償却することがあります。すると、補助金は収益へ入ったのに、費用は一部しか出ないというズレが生まれます。

ここで関係するのが、後ほどお話しする圧縮記帳です。

赤字なら必ず税金ゼロ、とも言い切れない

「うちは赤字だから、補助金の税金は気にしなくていいよね」と思う方もいるかもしれません。

でも、補助金を収益に入れた結果、赤字が小さくなったり、黒字へ変わったりすることがあります。法人住民税の均等割など、所得が赤字でも発生する税金もあります。

赤字か黒字かは、補助金だけではなく決算全体で見るものです。入金額だけで判断せず、最新の試算表へ補助金を反映して確認しましょう。

補助金と税金の関係を法人・個人事業主・消費税で比べる

「法人税も所得税も消費税も、全部かかるの？」。税金の名前が並ぶと、それだけで嫌になりますよね(;´д｀)。

でも、同じ補助金でも税目ごとに見方が違います。まずは次の表で分けてください。

見る税金	基本的な考え方	最初に確認するもの
法人税	法人の益金に入るのが基本	支給目的、収益計上時期、対象経費
所得税	個人事業に関係するものは総収入金額に入るのが基本	事業との関係、非課税規定、特例
住民税・個人事業税	所得税の所得計算などをもとに影響することがある	所得区分、自治体・業種の取扱い
消費税	一般的な補助金の受取自体は対価ではなく課税対象外	交付要綱、対象経費、課税方式

法人税は補助金を含めた会社全体の所得で見る

法人では、補助金を雑収入などで収益に入れたうえで、会社全体の益金と損金を集計します。

補助金100万円を受け取ったから、法人税が一律で何万円増える・・という単純な話ではありません。繰越欠損金、ほかの利益、対象経費、減価償却などで結果が変わります。

だから、知りたいのは補助金単体の税率ではなく、補助金を入れた後の決算見込みです。顧問税理士へ「この補助金を反映した試算表で、納税見込みを出してください」と頼むと話が早いですよ。

個人事業主は所得税だけでなく住民税なども見る

個人事業主の場合、事業に関係する補助金は、事業所得の収入になることが多いです。所得が増えれば、所得税だけでなく住民税や、業種によっては個人事業税、国民健康保険料などへ影響する可能性があります。

「所得税だけ残せば大丈夫」と決めてしまうと、翌年の負担を見落とします。

今年の所得見込みを作り、所得税・住民税・保険料まで含めて資金を残しておく方が安心です。

消費税は「受取」と「対象経費」を分ける

一般的な補助金は、商品を売った代金ではありません。そのため、受け取った補助金そのものは、通常、消費税の課税売上には入りません。

ただし、補助金で機械やサービスを買い、その支払いに含まれる消費税を仕入税額控除した場合、交付要綱によっては消費税相当額の報告や返還を求められます。

「消費税がかからないのに返すの？」と混乱するのは、受取と支払いの話が混ざるからなんですね。

補助金をいつ収益に入れる？決算期またぎで迷うところ

補助金は、申請してすぐ入るお金ではありません。採択、交付決定、事業実施、実績報告、額確定、入金と進みます。

「じゃあ、どの日に売上へ入れるの？」。決算をまたぐと、ここで手が止まりますよね。

一般には、返還不要の金額が具体的に確定した時点など、収入する権利が確定した時期を基準に判断します。ただし、制度の仕組みや条件で変わるため、一律に入金日だけで決めないでください。

採択・交付決定・額確定・入金は別もの

段階	意味	税務での注意
採択	審査で事業が選ばれた	金額や支給が最終確定とは限らない
交付決定	補助対象事業と上限額が認められた	条件付きで、実績により減額されることがある
額確定	実績報告の審査後に支給額が確定した	収益計上時期の重要資料になる
入金	口座へ振り込まれた	権利確定より後の年度になることがある

通帳だけを税理士へ渡すと、補助金がどの段階で確定したのか分かりません。交付決定通知と額確定通知も一緒に渡しましょう。

入金前でも未収入金を使うことがある

決算日までに補助金額が確定し、入金だけが翌期になった場合は、「未収入金／雑収入」などの仕訳で当期の収益に入れることがあります。

反対に、採択されただけで実績報告も終わっておらず、支給額が変わる状態なら、同じ扱いにならないことがあります。

通知の日付、返還条件、対象事業の完了日を並べて、決算前に税理士へ見せてください。これが、年度を間違えない一番の近道です。

雇用関係助成金などは個別ルールも確認する

制度によっては、支給決定や原因となった事実の時期など、収益計上の考え方が示されている場合があります。

補助金、助成金、給付金を全部同じ日に処理しないでくださいね。

制度名を税理士へ伝え、交付要綱や支給決定通知を見てもらう。これだけで「通帳に入った日だけで処理していた」というズレを防ぎやすくなります。

補助金の仕訳例｜雑収入と未収入金の流れ

「結局、会計ソフトには何と入れるの？」。ここまで読んだら、次は仕訳ですよね。

よくある形は、補助金を雑収入へ入れる方法です。ただし、勘定科目より大事なのは、収益にする年度と補助対象経費を正しく残すことです。

補助金100万円が当期に確定した例

タイミング	借方	貸方
支給額100万円が確定	未収入金 1,000,000円	雑収入 1,000,000円
翌期に100万円が入金	普通預金 1,000,000円	未収入金 1,000,000円

これは分かりやすくするための一例です。支給額の確定時期や会計方針によって仕訳は変わります。

会計ソフトへ入れたら、摘要欄へ制度名、交付決定番号、対象期間を書いておくと、あとで確認しやすくなりますよ。

対象経費と補助金を相殺しない

「機械代300万円、補助金100万円だから、機械を200万円で登録すればいい？」と思うかもしれません。

通常の会計処理では、支払った経費と受け取った補助金を別々に記録します。機械の取得価額を勝手に差し引くのではなく、圧縮記帳を使う場合は、その制度に沿った処理を別に行います。

通帳の入出金だけで相殺すると、対象経費の実額や補助率が追えなくなります。請求書、振込記録、補助金台帳をひも付けて残してください。

補助金専用の補助科目を作ると後が楽

補助金が複数ある会社は、「雑収入」の中に制度名ごとの補助科目を作ると便利です。

たとえば「ものづくり補助金」「自治体設備補助」「雇用関係助成金」のように分けておけば、実績報告、税務申告、返還確認の時に探し回らずに済みます。

書類フォルダー名と会計ソフトの補助科目名をそろえておく。地味ですが、翌年の自分を助けてくれます♪♪

設備投資に使った補助金は圧縮記帳を検討

設備補助金で一番困りやすいのが、「補助金は収益なのに、機械代は一度に経費にならない」というズレです。

そんな時に検討するのが圧縮記帳です。

圧縮記帳は、一定の国庫補助金等で固定資産を取得した時に、補助金による利益と資産取得の費用化のズレを調整する仕組みです。

圧縮記帳は税金の免除ではなく繰延べ

ここ、めちゃくちゃ大事です。

圧縮記帳を使っても、税金が永久になくなるわけではありません。

資産の帳簿価額を圧縮すれば、その後の減価償却費は小さくなります。最初の年度の課税を抑える代わりに、将来の経費も減るため、課税を後ろへ送るイメージです。

1,000万円の機械へ400万円の補助金が出た例

見るところ	圧縮記帳なし	圧縮記帳ありのイメージ
補助金収入	400万円	400万円
圧縮損	なし	要件を満たす範囲で計上
減価償却の基礎	1,000万円	圧縮後の帳簿価額
税負担の見え方	初年度に利益が出やすい	初年度の課税を将来へ繰り延べる

実際の圧縮限度額、仕訳、申告書の別表は、補助金と資産の内容で変わります。金額だけをまねせず、自社の交付要綱と固定資産台帳で判断してください。

法人は直接減額方式と積立金方式がある

法人の圧縮記帳には、帳簿価額を直接減らす方法と、圧縮積立金を使う方法があります。

どちらを選ぶかで、決算書の見え方や申告調整が変わります。銀行へ決算書を見せる会社なら、税金だけでなく財務面も含めて税理士と相談した方がいいです。

「補助金が入った年度の決算が近い」と気づいてからでは、選択肢を検討する時間が足りません。設備を買う前か、遅くとも額確定前には相談しましょう。

個人事業主には総収入金額不算入の特例がある

個人事業主も、一定の国庫補助金等を固定資産の取得や改良に充てた場合、所得税法の要件を満たせば、その部分を総収入金額に算入しない特例があります。

ただし、自動で適用されるわけではありません。「国庫補助金等の総収入金額不算入に関する明細書」を確定申告書へ添付するなどの手続きが必要です。

その代わり、減価償却の基礎になる取得費は、補助金相当額を差し引いて計算します。これも、税金が消えるのではなく費用化の時期を調整する考え方なんですね。

すべての補助金で圧縮記帳できるわけではない

補助金であれば何でも圧縮記帳できるわけではありません。

固定資産の取得や改良に充てるものか、国庫補助金等に該当するか、返還不要が確定しているか、期限内に資産を取得しているかなどを確認します。広告費、人件費、家賃などの運転経費に使う補助金は、同じ考え方になりません。

交付要綱に圧縮記帳の案内があっても、最終的な税務処理は自社側の責任です。「対象です」と決めつけず、税理士へ制度名と資産の見積書を見せてください。

消費税で見落としやすい「仕入控除税額の返還」

「補助金は消費税の課税対象外なのに、返還のお知らせが来た」。これ、矛盾しているように見えますよね。

でも、見ているお金が違います。

補助金の受取自体は対価ではありません。一方、補助対象経費に含まれる消費税を消費税申告で控除した場合、その消費税相当額まで補助されると二重に負担が軽くなるため、交付要綱に沿って報告や返還が必要になることがあります。

交付申請時に消費税を外す制度がある

制度によっては、補助対象経費を税抜で申請するよう求められます。また、申請時に仕入控除税額が分からない場合は、いったん税込で計算し、確定後に報告する仕組みもあります。

「前回の補助金は税込だったから、今回も同じ」とは限りません。

申請前に公募要領の「消費税」「仕入控除税額」「返還」という言葉を検索してください。見つかったページはPDFで保存しておくと安心です。

本則課税・簡易課税・免税で確認点が変わる

仕入税額控除の計算は、本則課税か簡易課税かで違います。免税事業者は、そもそも消費税の申告義務がない年度もあります。

そのため、返還額が必ず「補助金×10％」になるわけではありません。課税売上割合、補助率、対象経費の税区分なども関係します。

自分でざっくり決めず、補助金申請書、対象経費一覧、消費税申告書を同じ人に見てもらってください。税理士と補助金担当者の話が別々になっている時ほど、書類をつなぐことが大事です。

返還が0円でも報告書を求められることがある

「返すお金がないなら、何もしなくていいよね」と思いますよね。

ところが、制度によっては返還額が0円でも、仕入控除税額が確定したことを報告するよう求められます。

締切と提出様式は制度ごとに違います。実績報告が終わったら安心して書類をしまわず、「受給後の報告」「財産処分」「消費税」の3か所まで見ておきましょう。

補助金を使い切らないための納税資金チェック

補助金が入ると、遅れていた支払い、設備の残金、広告費へすぐ回したくなりますよね。

でも、受給額をそのまま使い切るのは危険です。

まず補助金を反映した決算見込みを作り、税金、消費税相当額の返還、対象外経費の3つを別口座へ残しましょう。

納税用口座へ先に避けておく

正確な税額は決算全体で決まりますが、金額が確定するまで何も残さないのは不安です。

入金されたら、事業用口座の中で納税用の別口座へ一部を移し、税理士の試算が出るまで触らないようにします。

税額が少なければ、あとで事業へ戻せます。使い切ってから納税資金を借りるより、ずっと楽ですよ。

3つのケースで負担の出方を考える

ケース	起こりやすいこと	次の行動
経費補助で同年度に支払い済み	収益と経費が同じ年度に出やすい	対象外経費と収益計上時期を確認
設備補助で固定資産を購入	補助金収益と減価償却にズレが出る	圧縮記帳の要件を購入前に相談
決算後に補助金が入金	入金期と収益計上期が違うことがある	額確定通知の日付を税理士へ共有

税理士へ渡す書類は5点セットにする

口頭で「補助金が入りました」と伝えるだけでは、正しい判断に必要な情報が足りません。

公募要領・交付要綱
交付決定通知
額確定通知
補助対象経費の一覧と請求書
入金が分かる通帳・明細

固定資産がある場合は、見積書、納品書、固定資産台帳も加えてください。

このセットをPDFで一つのフォルダーへ入れ、「収益計上時期」「圧縮記帳」「消費税返還」の3点を質問すれば、確認漏れがぐっと減ります。

地域の支援制度も確認する

国の補助金だけを見ていると、自治体独自の支援制度を取りこぼすことがあります。

同じ設備投資でも、都道府県、市区町村、商工会議所などで別の支援制度が見つかる場合があります。ただし、同じ経費に国と自治体の補助金を重ねて使えない制度もあるため、併用条件は先に確認してください。

所在地、業種、従業員数、使いたい目的が変われば、見つかる制度も変わります。郵便番号と今の状況から、自分の地域・状況でどんな支援制度があるのかをチェックしたい方は、無料診断も使ってみてくださいね。

【1分で分かる】もらえるお金無料診断郵便番号と３つの質問に答えるだけで、「お得な支援制度」をザクザク掘り当てます。moraeru-okane.com

補助金の税金でよくある質問

補助金を受け取ったら必ず税金が増えますか？

必ず増えるとは限りません。

補助金は収益に入ることが多いですが、会社や個人事業全体の収益、経費、赤字、繰越欠損金、各種控除などを含めて所得を計算します。補助金を反映した決算見込みで確認してください。

補助金の税金は何％ですか？

補助金だけに一律でかかる税率はありません。

法人なら会社全体の所得や法人区分、個人なら所得額や控除などで変わります。「補助金300万円×○％」と自己計算せず、試算表や確定申告の見込みで見ましょう。

補助金は消費税の課税売上に入りますか？

一般的な補助金の受取自体は、商品やサービスの対価ではないため、通常は消費税の課税売上に入りません。

ただし、名称だけで判断せず、契約の対価性を確認してください。また、補助対象経費に係る仕入控除税額の報告・返還は別の話です。

圧縮記帳を使えば税金はかかりませんか？

税金が永久になくなる制度ではありません。

初年度の課税を抑える代わりに、将来の減価償却費が小さくなるなど、課税を繰り延べる仕組みです。適用要件と申告手続きもあるため、設備購入前に税理士へ相談してください。

補助金の入金が翌年度なら翌年度の収益ですか？

入金日だけでは決められません。

支給額が確定した日、返還条件、制度の仕組みなどを見て判断します。交付決定通知と額確定通知を税理士へ見せてください。

税金の分だけ補助金を多く申請できますか？

通常は、税負担を理由に補助率や上限額が自動で増えるわけではありません。

補助金は公募要領に定められた対象経費と補助率で計算します。税金や対象外経費も含めて、自己資金に余裕を持たせた資金計画を作りましょう。

申告前チェックリスト

「結局、今から何をすればいいの？」という方は、次の項目だけでも確認してください。

補助金の制度名と支給目的を確認した
交付決定通知と額確定通知を保存した
採択日・交付決定日・額確定日・入金日を分けて記録した
補助対象経費の請求書と振込記録をそろえた
補助金を雑収入などで会計へ反映した
固定資産に使った金額を分けた
圧縮記帳または総収入金額不算入の対象になるか確認した
消費税の仕入控除税額報告・返還の有無を確認した
補助金を反映した納税見込みを作った
受給後の報告期限と財産処分制限を確認した

未確認があっても、責める必要はありません。通知書をなくしたなら、まず事務局のマイページやメールを探す。処理が分からないなら、5点セットを税理士へ渡す。今日できる一歩から埋めていけば大丈夫です。

まとめ｜入金後は税金・会計・返還の3点を先に見る

補助金は、採択されるまでの準備に目が向きます。でも、本当にお金で困りやすいのは入金された後かもしれません。

もう一度、結論をまとめます。

事業用の補助金は、法人税や所得税の計算に入ることが多い
税額は「補助金額×税率」ではなく、事業全体の所得で決まる
採択、交付決定、額確定、入金を同じ日として扱わない
設備補助金は圧縮記帳や総収入金額不算入を検討する
消費税は受取自体と仕入控除税額の返還を分けて見る
交付要綱と通知書を税理士へ渡し、納税資金を先に残す

「税金が怖いから補助金を使えない」と立ち止まらなくて大丈夫です。

交付要綱、通知書、対象経費をそろえて、補助金を反映した決算見込みを作る。ここまでやれば、次に残すお金と使えるお金が見えてきます。

補助金は、もらって終わりではありません。税金、会計、返還まで片づけて、初めて会社の力になるお金です。今日のうちに、額確定通知を一枚、会計担当者へ送っておきましょう♪♪

確認した公式情報

この記事は、2026年7月時点で次の公式情報を確認して作成しました。

税務上の取扱いは、制度の内容、法人・個人の別、決算時期、消費税の課税方式などで変わります。実際の申告では、最新の交付要綱と通知書を税理士へ見せて確認してください。

補助金 税金は原則どうなる？最初に結論